これではYSを導入してもセーブを共有出来ません。
そこで
R4 Wood から STARTボタン-設定-Rボタンで移動-ファイルシステムの設定の3項目目save extension のセーブタイプを十字ボタンで .sav に変更
あるいは逆に
YSMenu.ini を開いてこの部分を変更する
Extension of Save (use .sav usually)
EXT_SAV=.sav
の部分を
Extension of Save (use .sav usually)
EXT_SAV=.nds.sav
に書き換えて使用すれば、共用してセーブデータを使えます。