R4 Wood では最初　セーブタイプは　.nds.sav　になっています。
これではＹＳを導入してもセーブを共有出来ません。

そこで

R4 Wood から STARTボタン-設定-Rボタンで移動-ファイルシステムの設定の３項目目save extension のセーブタイプを十字ボタンで .sav に変更

あるいは逆に
YSMenu.ini を開いてこの部分を変更する

Extension of Save (use .sav usually)
EXT_SAV=.sav

の部分を

Extension of Save (use .sav usually)
EXT_SAV=.nds.sav

に書き換えて使用すれば、共用してセーブデータを使えます。